2015年12月6日，山东鲁能泰山官方宣布曼诺·梅内塞斯出任球队主教练，前主教练库卡离任。

冬季转会窗中，乌索租借至巴西联赛，阿洛伊西奥、迭戈·塔尔德利、尤西雷、蒙蒂略四名外援均留队，巴西现役国脚吉尔加盟球队。国内球员方面，高准翼、周煜辰租借至河北华夏幸福，罗森文正式转会至河北华夏幸福，崔鹏、糜昊伦、邵镤亮加盟石家庄永昌，老将汪强、韩鹏加盟北京人和，陈灏加盟河南建业，并引进门将刘震理。

2015年12月28日，山东鲁能全队赴广州进行拉练[1]。

山东鲁能泰山在本赛季亚冠联赛资格赛第二轮及附加赛中分别战胜印度球队莫亨巴甘和澳大利亚球队阿德莱德联，晋级亚冠联赛小组正赛，并以3胜2平1负的成绩排名小组第二出线，这是自2005年后球队首次在亚冠小组赛中出线，十六强赛中凭借客场进球多的优势战胜悉尼FC晋级八强。但联赛前11场仅取得2胜3平6负，长期处于联赛倒数位置。

2016年6月7日，山东鲁能泰山官方宣布主帅曼诺·梅内塞斯因个人原因辞去主帅一职，球队各项训练暂由中方教练组组织实施。2016年6月8日，山东鲁能泰山官方宣布，德国教练菲利克斯·马加特出任球队主教练[2]，这是球队历史上首次聘请德国籍主教练。

2016年6月12日，李霄鹏作为执行主教练参与了山东鲁能泰山与河北华夏幸福的比赛，最终山东鲁能以1比2告负。

由于球队上半赛季成绩不佳以及马加特的上任，球队在夏季转会窗进行了大幅度的人员调整。外援方面，阿洛伊西奥租借至河北华夏幸福，迭戈·塔尔德利因长期状态低迷下放至预备队，塞内加尔球员帕皮斯·西塞和意大利国脚格拉齐亚诺·佩莱加盟球队。内援方面，张文钊加盟广州恒大淘宝，宋龙加盟球队。

最终，山东鲁能泰山在2016赛季联赛后半程中逐渐复苏，最终获得第14名，惊险保级。足协杯第四轮0比1负于上海绿地申花遭到淘汰。亚冠联赛八强赛被FC首尔淘汰。